Vermieter verwendet die Kaution während Mietverhältnis 

Entstehen während des Mietverhältnisses Forderungen des Vermieters, dann darf der Vermieter während des laufenden Mietvertrags nicht einfach die Kaution zum Ausgleich entstandener Forderungen verwenden, z.B. für Mietschulden.

Vermieter darf auf die Kaution während der Mietzeit erst nach Urteil zugreifen

Der Vermieter muss während des Mietverhältnisses in der Regel eine Forderung gegen den Mieter erst bei Gericht einklagen.

Ist die Forderung des Vermieters rechtskräftig festgestellt, so kann der Vermieter dann den Kautionsbetrag für diesen Zweck verwenden, sich den Betrag auch aus einem etwaigen Sparbuch auszahlen lassen.

Vermieter durfte die Kaution verwenden - Mieter muss die Kaution wieder auffüllen

Der Betrag, der aus der Kaution vom Vermieter zur Deckung seiner rechtskräftig festgestellten Forderung verwendet wurde, muss vom Mieter wieder an den Vermieter bezahlt werden, wenn der Mietvertrag weiterhin besteht - der Vermieter hat Anspruch darauf, dass sie von der Mietpartei entsprechend aufgefüllt wird.

Zahlen Mieter einen dann fehlenden Kautionsbetrag, trotz Aufforderung nicht an den Vermieter, so kann das zu einer Kündigung, auch einer fristlosen Kündigung des Mietvertrages führen.
Verwendung der Kaution während der Mietzeit - Wiederauffüllung. 

Vermieter nimmt am Ende des Mietverhältnisses die Kaution der Wohnung in Anspruch

Nach dem Ende des Mietverhältnisses ist es für den Vermieter einfacher, die Kaution für Ansprüche aus dem Mietverhältnis zu verwenden bzw. die Kaution einzubehalten: 

• Verlangt der Mieter die Auszahlung oder Freigabe der Kaution plus Zinsen, und bestehen berechtigte Gegenansprüche des Vermieters aus diesem Mietverhältnis, dann kann er diese gegen die Rückzahlungsforderung aufrechnen, die Rückgabe der Mietsicherheit verweigern und die Mietsicherheit verwerten.
• Das kann z.B. der Fall sein, wenn der Vermieter meint, Schadensersatzansprüche wegen Beschädigung der Mietwohnung zu haben - dann braucht er nicht einmal eine Frist zur Verrechnung seines Schadensersatzanspruchs mit der Kaution zu setzen.
• Der Vermieter braucht dabei nicht einmal ausdrücklich abzurechnen, die Abrechnung kann auch durch schlüssiges Handeln erfolgen.

Ende des Mietvertrags, Vermieter verwendet Kaution für unberechtigte Forderungen

Der Vermieter kann sogar die Kaution verwenden, wenn seitens des Mieters die Forderungen nicht anerkannt oder sogar bereits ausdrücklich bestritten wurden: 
Kaution am Ende des Mietvertrags - Vermieter hat Forderungen.

• Ob der Einbehalt der Kaution oder eines Teiles zu Recht erfolgte, muss dann notfalls gerichtlich geklärt werden.

Bestehen ernsthafte Zweifel, dass die behaupteten Ansprüche des Vermieters bestehen, oder ist die Verwertung der Kaution aus anderen Gründen nicht in Ordnung ist, so sollten Mieter umgehend fachkundigen Rat in Anspruch nehmen.
Abrechnung Kaution - Aufrechnung von Forderungen durch Vermieter.